Une des décisions prises en mai 2004 par la Conférence suisse des directeurs cantonaux de la santé (CDS) concernait la formation initiale de physiothérapie. Il s'agissait de ne plus proposer cette formation qu'au niveau des Hautes Ecoles Spécialisées (HES). Le Parlement fédéral a entériné la révision partielle de la loi sur les HES en hiver 2005.
La voie était ainsi libre pour une réorganisation de la formation initiale des physiothérapeutes. La Suisse romande propose une formation initiale de physiothérapie au niveau HES sur trois sites (Genève, Lausanne, Leukerbad) depuis 2002. Le reste de la Suisse a emboîté le pas en automne 2006. L'Office fédéral de la formation professionnelle et de la technologie (OFFT) a défini 4 sites pour accueillir les HES en santé: Zurich/Winterthur, Berne, la Suisse romande et le Tessin.
La formation initiale dispensée au sein des HES est sanctionnée par un Bachelor of Science (BSc). Les formations dispensées sous l'ancienne législation (Ecole Supérieure) se sont achevées en 2010. La Croix-Rouge suisse est chargée de la reconnaissance de ces formations alors que l'OFFT se charge de celle du BSC.
